Pendant le règne de Néron, les philosophes furent poursuivis en justice sous le prétexte d'être des devins. Pour ne pas mentionner d'autres cas, Musonius, le deuxième plus important philosophe après Apollonios, fut emprisonné à cause de sa philosophie et vint près de perdre sa vie. Avant l'arrivée d'Apollonios et de sa troupe aux portes de Rome, un certain Philolaos de Citium tenta de les dissuader de continuer. Pour Apollonios, cela paraissait comme une épreuve divinement décrétée pour séparer les plus forts de ses disciples des plus faible (qui, cependant, il ne blâma pas) ; ainsi, de trente-quatre disciples, rien que huit restèrent avec lui, les autres faisant diverses excuses pour s'éloigner de Néron et de la philosophie.

Entrant à Rome, Apollonios dénonça publiquement la tyrannie régnante comme étant tellement cruelle que les hommes n'avaient pas le droit d'être sage. Ses discours étant tout publics, aucunes accusations furent apportées contre lui pour un certain temps. Il parla aux hommes importants de la même manière qu'aux gens du peuple. Une protestation publique contre le luxe, lors d'une journée de fête dans un gymnase que l'empereur dédiait en personne, mena à son expulsion de Rome par le ministre de Néron, Tegellinus, qui désormais, fit suivre Apollonios de proche.

Une occasion se présenta enfin lors d'une épidémie de rhumes et les temples furent pleins de gens faisant des supplications pour l'empereur, parce qu'il avait mal à la gorge et la "voix divine" était enrouée. Plein d'indignation à la folie des multitudes, Apollonios resta calme, mais essaya de calmer un disciple en lui disant de "pardonner les dieux s'ils prennent plaisir des bouffons."

Ce propos fut rapporté à Tigellinus qui le mis en état d'arrestation. Cependant, l'emmenant devant son tribunal, il se trouva confus et, craignant ses pouvoirs surhumains, lui rendit la liberté. Philostrate nous dit qu'à son procès, "un dénonciateur, bien éduqué, vint comme témoin, ayant été la ruine de plusieurs. Il tenait dans sa main un parchemin où était écrit le chef d'accusation et il le brandit comme une épée devant les yeux d'Apollonios, se vantant de l'avoir rendu tranchant et que son heure était venue. Sur ce, Tigellinus déroula le manuscrit, et là, à son grand étonnement, ne vit ni lettre ni caractère. ... Toutes ces choses paraissaient divines à ces yeux et au-delà du pouvoir humain ; et pour montrer qu'il ne voulait pas se mesurer à un dieu, il lui ordonna d'aller où il voulait puisqu'il était trop puissant pour être sujet à l'autorité."

Quand Domitien monta sur le trône et commença à exhiber la même vanité morbide et la cruauté qui avait caractérisé Néron, nous trouvons Apollonios voyageant partout dans l'Empire, semant des graines de mécontentement et de rébellion contre le monstre couronné. Il dit intrépidement à Domitien, "Je suis le sujet d'Apollon et non le vôtre."*

(* Apollonios fut très différent du plus compromettant Messie chrétien, qui se prouva beaucoup plus acceptable à Constantin ainsi qu'à sa court, prêchant comme le faisait de "Rendre à César les choses qui sont à César." Cette doctrine fut l'opposée de celle prêchée par le révolutionnaire Apollonios, un ennemi de la tyrannie. Cela démontre clairement pourquoi les Romains avaient refusé d'accepter le Christianisme tant qu'Apollonios était à sa tête, et pourquoi immédiatement après son remplacement par Jésus (au Conseil de Nicée en l'an 325 A.D.), une secte 'communiste' jadis persécutée, composée de pauvres et d'opprimés, fut élevée pour devenir la religion impériale des empereurs romains.)

Apollonios n'avait tenté de lancer une révolution (contre la tyrannie) seulement qu'à un endroit mais partout dans l'Empire. Des révolutions surgirent n'importe où qu'il aille. Il alla en Gaule, et avec Vindex, il leva l'étendard de la révolte. *

(* Il ne peut y avoir aucun doute qu'Apollonios fut derrière la révolte de Vindex en Gaule, de concert avec le Gouverneur de Bétique. Après son expulsion de Rome, Apollonios alla en Espagne pour assister dans la préparation de la révolte contre Néron. Damis conjectura cela de l'entretien secret de trois jours qu'Apollonios eut avec le Gouverneur de la Province de Bétique, qui vint à Cadix en particulier pour le voir, dont les derniers mots à Apollonios furent, "Au revoir et souvenez-vous de Vindex.")

À Chio et Rhodes, il réussit à instaurer des réformes politiques. Plus tard, par rapport à Domitien -- un deuxième Néron, non moins cruel que son prédécesseur et le dépassant même, comme si cela était possible -- nous trouvons un Apollonios actif et courageux voyageant d'un coin de l'Empire romain à l'autre, semant partout des graines de mécontentement et de rébellion contre le tyran de Rome. Encore plus tard, nous le trouvons parrainant une conspiration contre Domitien en faveur du vertueux Nerva.

Découvrant le complot contre lui, Domitien ordonna l'arrestation d'Apollonios mais même cela ne le dissuada pas. Quand Vespasien fut empereur, Apollonios le supporta et le conseilla tant qu'il essaya, avec dignité, de suivre ses directives ; mais quand il priva les villes grecques de leurs privilèges, il réprimanda l'empereur directement. "Vous avez asservi la Grèce," lui écrit-il. "Vous avez réduit un peuple libre à l'esclavage."

Quand sous Domitien, Apollonios devint l'objet de suspicion de l'empereur pour critiquer ses actes comme il l'avait fait pour les folies de Néron, au lieu de se porter loin de Rome, il affronta le tyran face à face. Traversant d'Égypte en Grèce et prenant le bateau à Corinthe, passant par la Sicile, il navigua jusqu'à Putéoli et la bouche du Tibre, et de là, à Rome où il fut jugé et acquitté.

Apollonios considéra la sagesse comme sa maîtresse souveraine et, même sous Domitien, défendit la liberté. Il n'avait pas peur pour sa vie et, bien qu'un grand nombre de philosophes allassent en exil involontaire pendant le règne de Domitien, Apollonios fut déterminé de rester sur place et prendre les armes pour le bien de Rome contre Domitien, comme il l'avait fait contre Néron, sachant bien que Domitien le condamnent à la mort. À l'imploration de son disciple, Démétrios, ne pas entrer à Rome au risque de sa vie après que Domitien eut menacé d'emprisonner et de mettre à mort tout philosophe qui resta dans la ville ou tenta d'y entrer, Apollonios répondit:

"J'ai élevé la norme de la liberté, et en ce moment, elle est traduite en justice -- l'abandonnerai-je ? Si oui, de quelle amitié puis-je être digne après avoir ainsi trahi mes amis aux mains du bourreau ? ... Ma vie n'est pas nécessaire ; aller à Rome, ma conscience me dit que si. Par conséquent, je serai vrai à moi-même et j'affronterai le tyran. ... Je vais à Rome ! Car, comme Phrasea Paetus disait, j'aimerais mieux être tué aujourd'hui que de m'exiler volontairement demain."

Quelques-unes des paroles d'Apollonios contre Domitien, le successeur de Néron au trône de Rome qui surpassa même son prédécesseur en cruauté, ayant été enregistré, on nous dit qu'il devint un suspect à travers sa correspondance avec Nerva et ses associés Ofitus et Rufus. Quand les poursuites judiciaires furent entamées contre eux, Apollonios adressa les mots suivants à la statue de Domitien : "Idiot ! Vous en savez si peu au sujet des Destins [Loi du Karma] et de la Nécessité ! Celui qui est destiné à régner après vous, si vous devez le tuer, reviendra encore à la vie."

Cela fut rapporté aux oreilles de Domitien par l'entremise d'Euphrate. Ayant pressenti que l'empereur avait décidé sur son arrestation, Apollonios anticipa la sommation en se rendant en Italie avec Damis. À Putéoli, il rencontra Démétrios qui lui dit qu'il avait été accusé de "sacrifier un garçon pour recevoir des divinations en faveur des conspirateurs," et que les chefs d'accusations supplémentaires contre lui furent son habillement étrange et la vénération que certains lui conféraient. Démétrios essaya de dissuader son maître de rester pour braver la colère d'un tyran insensible par la défense la plus juste, mais Apollonios répondit qu'il projeta de rester et de répondre aux chefs d'accusation, car s'enfuir d'un procès légal pourrait, croyait-il, donner l'apparence de sa culpabilité. Et, où pourrait-il s'enfuir ? Sans doute, au-delà des limites de l'Empire romain. S'il avait chercher un refuge chez les hommes qui le connaissaient déjà, il devrait reconnaître qu'il avait laissé ses amis être détruits par une accusation qu'il n'avait pas osée affronter lui-même.

Devant le tribunal, Aélien, le préfet de Domitien, accusa Apollonios d'être vénéré par les hommes et de se penser digne des mêmes honneurs que celles des dieux. Apollonios fut jeté en prison où il passa son temps à exhorter les prisonniers au courage et à élever leurs esprits. Conduit devant Domitien, il défendit courageusement Nerva, Rufus et Orfitus, que Domitien avait emprisonné comme conspirateurs. Domitien insista qu'il devrait se défendre seul des chefs d'accusations, et non les autres qui étaient condamnés. Apollonios, plutôt que de se défendre, les déclara innocents et protesta contre l'injustice de présumer leur culpabilité avant le procès.

Domitien répondit en lui disant qu'il pourrait choisir la méthode de sa propre défense ; et sur ce, il ordonna que l'on coupe sa barbe et ses cheveux et le fit mettre en chaînes tel que réservé pour les pires criminels. (Philostrate juge fausse une lettre attribuée à Apollonios implorant l'empereur de le libérer de ses chaînes.)

Se sentant troublé au sujet du sort de son maître dans la prison de Domitien, Damis fut rassuré par Apollonios qui dit, "Il n'y a personne qui nous mettra à mort."

"Mais quand, maître," demanda Damis, "serez-vous mis en liberté ?"

"Demain," répondit-il, "si cela dépend du juge, et cet instant, si cela dépend de moi."

Sans dire un mot, il retira sa jambe hors des liens et dit à Damis, "Vous verrez la liberté dont je jouis et, par conséquent, je vous demande de maintenir votre esprit." Il remit ensuite sa jambe dans les liens.

Durant son séjour en prison, Domitien envoya un Syracusien qui était son "oeil et sa langue" à Apollonios, lui disant qu'il pourrait gagner sa liberté s'il donnait de l'information au sujet de la supposée conspiration contre l'empereur ; mais il dut quitter sans résultat. Apollonios envoya alors Damis à Putéoli. Ils devaient l'attendre là avec Démétrios, après avoir fait sa défense.

La liste suivante stipule les chefs d'accusations que Domitien avait porté contre Apollonios :

Premier chef d'accusation : Avoir porter des vêtements qui diffèrent de ceux des autres hommes, s'attirant ainsi des foules de gens bruyants au détriment du bon ordre de la ville. De porter les cheveux longs et de ne pas vivre en accord avec la société.

Deuxième chef d'accusation : Permettre et encourager les hommes de l'appeler un dieu.

Conduit devant le tribunal, Apollonios négligea le monarque et ne jeta même pas un coup d'oeil vers lui. L'accusateur l'ordonna de regarder vers "le dieu de tous les hommes," après quoi Apollonios éleva ses yeux au plafond, indiquant, selon Philostrate, qu'il regardait Zeus.

Après sa défense triomphante, qu'il fit spontanément, puisqu'il ne fut pas autorisé de lire la longue défense qu'il avait préparée auparavant, Domitien l'acquitta, lui demandant, cependant, de rester pour qu'il puisse converser avec lui en privé. Apollonios le remercia, mais ajouta un reproche sévère:

"À cause des misérables qui vous entourent, des villes et des îles sont remplies d'exilés, le continent avec les gémissements, les armées avec la lâcheté et le Sénat avec la suspicion." Il disparut alors soudainement de leur présence ; et l'après-midi du même jour, il apparut à Damis et Démétrios à Putéoli tel qu'il l'avait promis, à un moment ou ils désespéraient de ne plus jamais le revoir [c.-à-d., il disparut de devant l'empereur Domitien à Rome et se matérialisa de nouveau 150 milles plus loin à Putéoli].

Après avoir dormi, se reposant des événements difficiles récents à Rome, Apollonios dit à ses disciples qu'il quittait pour la Grèce. Démétrios avait peur qu'il n'y soit pas en sécurité, mais Apollonios répondit que si toute la Terre appartenait au tyran, ceux qui meurent en plein jour avaient un meilleur lot que ceux qui vivent dissimulés. À ceux en Grèce qui lui demandèrent comment il s'était échappé, il dit simplement que sa défense avait réussi. Ainsi, quand plusieurs venant d'Italie racontèrent ce qui s'était passé vraiment, il fut presque vénéré, étant considéré divin, surtout parce qu'il ne s'était pas vanté de la merveilleuse manière de sa fuite.

[Note : Après son procès en 92 jusqu'en 97, une année après que Nerva eut succédé Domitien, Apollonios habita en Grèce, probablement à Éphèse. Apollonios dit une fois, "Vivez inaperçu ; mais si cela est impossible, quitter la vie de façon inaperçue." Étant vrai à lui-même et souhaitant "quitter la vie de façon inaperçue," Apollonios composa un "message secret" à l'empereur Nerva et demanda à Damis de le livrer à Rome en personne. Après le départ de Damis, Apollonios alla dans un temple caché, "mourut" et n'a plus jamais été vu.]