À son retour en Grèce, Apollonios voyagea de ville en ville, visitant les temples où il restaura les anciens mystères en rééduquant les prêtres. Selon Mead, "une idée paraît avoir été de répandre parmi les fraternités religieuses et les institutions de l'Empire quelque portion de la sagesse qu'il avait rapporté de l'Inde."
Son travail fut d'unifier les divers credo en révélant leur origine commune et leur nature, et donc de favoriser la fraternité de l'espèce humaine. Son premier travail fut d'abolir la coutume barbare des sacrifices animaux et de les remplacer par des offrandes d'encens et de fleurs. Son but fut d'éloigner les esprits des prêtres et des laïques des FORMALITÉS EXTÉRIEURES de la religion, des rituels et des sacrifices vers la SIGNIFICATION INTÉRIEURE, et de remplacer l'idolâtrie par la COMMUNION MYSTIQUE [méditation] avec le Dieu qui demeure à l'INTÉRIEUR.
Pour accomplir cela, il alla à tous les endroits sacrés de la Syrie, l'Égypte, la Grèce et l'Espagne ; il atteint même le roc de Gades qui devint plus tard Cadix, [près la pointe Sud de l'Espagne, près de Gibraltar] qui était, selon Pline, la dernière partie du continent qui échappa à la catastrophe d'Atlante. Ses voyages l'emmenèrent aussi loin que la Gaule. Cependant, son travail principal de réforme religieuse fut en Grèce.
Quand Apollonios vint à Éphèse, les citoyens laissèrent leur travail et le suivirent, lui rendant hommage et respect. Selon la coutume des Stoïciens, le premier discours d'Apollonios donné à Éphèse fut du portique du temple de Diane, les exhortant à investir leur temps dans l'étude et la philosophie (spiritualité) et d'abandonner leurs vies désordonnées et leurs sports cruels. Il prêcha aussi sur la "Communauté des Biens" ("communisme"), illustrant son discours avec la parabole des moineaux.
En discourant un jour dans une des promenades couvertes d'Éphèse sur l'entraide mutuelle et les avantages du "communisme," plusieurs moineaux étaient perchés sur un arbre tout près en parfait silence. Soudainement, un autre moineau arriva et commença à pépier, comme s'il voulait dire quelque chose aux autres. Après quoi, tous commencèrent à pépier aussi et s'envolèrent, quittant le nouveau venu. L'assistance superstitieuse d'Apollonios fut frappée par la conduite des moineaux et pensa que c'était un augure de quelque chose d'important. Mais le philosophe continua son sermon, expliquant que le moineau avait invité ses amis à un banquet. Sur ce et non loin de là, un garçon glissa et tomba, perdant le maïs qu'il portait dans un bol ; il en ramassa la plupart et partit. Trouvant les grains éparpillés, le petit moineau s'envola immédiatement pour inviter ses amis à la fête. La plupart de la foule partit en courant pour voir si cela était vrai ; et lorsqu'ils revinrent en criant, tout étonnés, Apollonios parla comme suit :
"Vous voyez quel soin les moineaux prennent l'un envers l'autre et combien heureux ils sont de partager avec tous leurs nourritures. Et pourtant, nous, les hommes, nous ne les approuvent pas ; qui plus est, si nous voyons un homme partager ses biens avec d'autres, nous appelons cela du gaspillage, de l'extravagance et ainsi de suite, et nous désignons ceux-ci comme des adulateurs et des parasites. Que nous restent-ils alors sauf de nous enfermer chez-nous comme des oiseaux que l'on fait engraisser, remplissant nos ventres dans la noirceur jusqu'à ce que nous éclations de graisse ?"
Durant un autre discours à Éphèse, Apollonios afficha son pouvoir de clairvoyance exceptionnel en observant un événement qui se déroulait au loin. Au milieu de son discours, il vit le meurtre de Domitien à Rome ; cessant soudainement son discours, il s'écria, "Éphésiens, gardez vos esprits, puisqu'en ce jour, le tyran est abattu." Il dit alors ce qu'il avait vu aux gens étonnés, notamment que Domitien avait été attaqué par Stéphane et blessé ; par la suite, comme Philostrate le raconte, "ses gardes du corps, entendant le bruit et concluant que cela était anormal, se dépêchèrent dans son cabinet et, trouvant le tyran évanoui, mirent fin à sa vie."
Philostrate décrit cet incident comme suit :
"D'abord, le ton de sa voix baissa comme par appréhension ; cependant, il continua son discours, mais en hésitant et avec moins de force qu'à l'habitude, comme un homme qui avait un autre sujet à l'esprit que celui duquel il parlait ; enfin, il cessa complètement de parler comme s'il ne pouvait pas trouver ses mots. Fixant alors le sol, il fit trois ou quatre pas et s'écria : 'Frappez le tyran, frappez !' Et cela, non comme un homme qui voit une image dans un miroir, mais comme celui qui voit une scène réelle devant ses yeux, comme s'il y participait directement."*
(* Nous devons comprendre que Domitien, un tyran dégénéré, fut responsable pour les atrocités les plus terribles commises contre des individus à tendance spirituelle et philosophique et, à travers la persécution, il fut déterminé à éliminer toute la plus haute connaissance spirituelle qu'Apollonios souhaitait déciminer. C'est dans le contexte du plus grand bien spirituel de la race humaine entière qu'Apollonios fut soulagé d'apprendre la mort du tyran. Individuellement, il aurait sans doute eut la même compassion pour lui en tant qu'âme, telle que pour tout autre homme.)
Se retournant vers son auditoire étonné, il leur dit ce qu'il avait vu. Bien qu'ils espéraient que cela soit vrai, ils refusèrent de le croire et pensèrent qu'Apollonios avait pris congé de ses sens. Mais le philosophe répondit doucement :
"Vous êtes justifiés de ne pas vous réjouir jusqu'à ce que les nouvelles vous parviennent de la façon habituelle; moi, je vais rendre grâce aux Dieux pour ce que j'ai vu."
Pendant son séjour à Éphèse, Apollonios prédit que la ville serait affligée par une peste; et plus tard, en visitant Smyrne, des émissaires vinrent à lui d'Éphèse, le suppliant de secourir les gens de ce terrible fléau. "Quand il entendit cela," écritPhilostrate, "il dit, 'je pense que le voyage ne devrait pas être retardé,' et aussitôt qu'il prononça ses mots, il était à Éphèse."
Aélien se référait à cet évènement comme étant parmi les chefs d'accusation pour lesquels Apollonios serait poursuivi en justice à son procès devant Domitien à Rome, car lorsqu'il parut parmi les Éphésiens malheureux frappées par la peste, il les rassura, promettant qu'il mettrait fin au fléau et c'est ce qu'il fit. On dit qu'Apollonios enraya le fléau d'Éphèse en détruisant un 'démon' déguisé en vieil homme mendiant.
Comme résultat de sa présence et de son travail envers les citoyens, la ville d'Éphèse, qui était si notoire pour sa frivolité, fut ramenée par l'enseignement d'Apollonios à la culture de la philosophie et la poursuite de la vertu. À ce sujet, Lecky, dans son "History of European Morals," écrit :
"Apollonios fut admiré à Éphèse ; les 'diables' eux-mêmes contribuèrent à sa popularité à travers les oracles qu'ils donnèrent en sa faveur. On dit qu'il réforma la ville de son oisiveté, de son amour de la danse et d'autres pitreries à laquelle elle était intoxiquée et qu'il s'efforça de rendre les habitants amicaux les uns envers les autres. Il travailla de façon similaire dans les autres villes d'Ionie pour réformer les coutumes des gens et pour établir l'unité parmi eux."
En visitant les temples, avisant les prêtres et discourant aux gens, Apollonios passa son temps à Éphèse. Il voyagea aussi à d'autres villes d'Ionie, adjacentes à Éphèse où il adressa les gens. Partout il fut reçu par des manifestations de joie et de révérence. Les gens s'assemblèrent pour l'entendre et plusieurs bénéficièrent de ses discours et guérisons. Les prêtres et les oracles de Colophons et de Didymes avaient déjà déclaré en sa faveur et toutes les personnes dans le besoin furent commandées par l'oracle de se référer à Apollonios ; telle fut la volonté d'Apollon et des Parques. Des ambassadeurs furent envoyés de toutes les villes principales d'Ionie lui offrant leur hospitalité. Smyrne envoya des ambassadeurs et lorsque Apollonios les questionna pour la raison de l'invitation, il répondit : Je viendrai ; notre curiosité est mutuelle."
Arrivant à Smyrne, les Ioniens qui participaient à leur festival Pannonien vinrent à sa rencontre. Là, les gens se querellaient pour rien et furent divisés dans leurs opinions sur tous les sujets qui regardaient le bien-être public et la bonne administration de la ville. Il les exhorta dans leurs différends à rivaliser les uns envers les autres en donnant le meilleur conseil ou en exécutant les devoirs des citoyens le plus fidèlement possible, et en embellissant leur ville avec des oeuvres d'art et des édifices gracieux.
Apollonios livra plusieurs discours à Smyrne, se limitant toujours aux sujets les plus utiles de son auditoire. Il fut l'invité de Théron l'aîné, un stoïcien et un astronome.
Entrant à Athènes, Apollonios fut reconnu et apprécié des gens comme il s'approcha et traversa la foule, parmi les salutations et les acclamations de joie, peu importe le caractère sacré de l'occasion. Quand il alla temple faire application pour l'initiation dans les mystères, Apollonios fut refusé par l'hiérophante sur la base qu'il était un 'enchanteur.' En réponse, Apollonios nomma le successeur au poste d'hiérophante qui, il prévit, l'initierait à une date future, laquelle prédiction fut accomplie par la suite.
En livrant une conférence à Athènes, le discours d'Apollonios fut interrompu par un adolescent possédé d'un rire saugrenu qu'il trouva être sous possession démoniaque. Apollonios cessa son discours et commanda au démon [un esprit astral rebelle -- habituellement un fantôme qui ne peut pas quitter le monde des vivants] de sortir de l'adolescent et de donner un signe de son départ. Cela se produit bientôt à la surprise de l'auditoire. L'adolescent suivit par la suite un mode de vie philosophique.
Entendant parler des frivolités avec lesquelles les Athéniens étaient maintenant habitués à célébrer les Dionysies, Apollonios les réprimanda en leur rappelant les exploits de leurs ancêtres et leur liaison légendaire avec Boréas, le plus masculin des vents [en d'autres termes, lançant un appel à leur plus haute nature spirituelle]. Un autre abus qu'il arrêta à Athènes fut la présentation des combats de gladiateurs.